Enhver hest har en grunnfarge, som enten kan være svart, brun eller rød. Disse grunnfargene kontrolleres av extension-gener og agouti-gener. Extension-genet (extension: engelsk for forlengelse/utvidelse) styrer produksjonen av svart og rødt pigment, mens distribusjonen av svart pigment kontrolleres av agouti-genet.
De andre fargegenene fungerer som modifiserende (diluterer/fortynner eller depigmenterer) på grunnfargen til hesten. Det er minst fem gener som diluterer, og dermed bleker, pelsfargen til hesten: krem, champagne, blakk, perle og sølv. Mønstergenene modifiserer fargen til hesten ved å fjerne fargen (depigmentering). Disse genene inkluderer overo, sabino, tobiano, skimmel, dominant hvit, hvitflekket, appaloosa-flekkete og pattern-1. VHL Genetics kan foreløpig ikke tilby noen test for det appaloosa-flekkete mønsteret.
Av pelsfargegenene som er nevnt ovenfor, er det tre gener som forklarer hovedvariasjonen innen pelsfarger; agouti, extension og kremgenet. I tabellen under er de mulige kombinasjonene av genene angitt.
| Pelsfarge | Agouti | Extension | Kremgen |
|---|---|---|---|
| Svart | a/a | E/E eller E/e | N/N |
| Brun | A/A eller A/a | E/E eller E/e | N/N |
| Rød | A/A, A/a eller a/a | e/e | N/N |
| Gulsvart | a/a | E/E eller E/e | N/Cr |
| Borket | A/A eller A/a | E/E eller E/e | N/Cr |
| Palomino | A/A, A/a eller a/a | e/e | N/Cr |
| Smoky cream | a/a | E/E eller E/e | Cr/Cr |
| Perlino | A/A eller A/a | E/E eller E/e | Cr/Cr |
| Cremello | A/A, A/a eller a/a | e/e | Cr/Cr |